A partir do filesystem-2012.6-2 os diretórios /var/run e /var/lock serão substituídos por links simbólicos para /run e /run/lock, respectivamente.
A maioria dos sistemas já se encontram desta forma, com o initscripts criando o link simbólico no boot. No entanto, estes links simbólicos não pertencem a nenhum pacote, já resolvido nesta atualização.
Se os links simbólicos já estão no local no seu sistema (o que deve acontecer para a maioria), então você pode simplesmente executar
# pacman -Syu --ignore filesystem && pacman -S filesystem --force
Por outro lado, se /var/run ou /var/lock são diretórios (ex. se você está usando o systemd e nunca deu boot com initscripts) você precisa deletar os diretórios antes de realizar o update. Como estes diretórios são utilizados em tempo de execução, é recomendado finalizar qualquer tarefa que esteja em background antes de realizar a atualização.
# rm -rf /var/run /var/lock && pacman -Syu && reboot
Nota: Geralmente, é recomendado não usar a opção --force por não ser considerada segura. De qualquer forma, neste caso em particular é seguro, e recomendado não deletar manualmente os links simbólico do /var/run ou /var/lock.
Por fim, na atualização do filesystem usuários do kernel anteriores a linux-3.4 visualizarão um aviso sobre permissão no /sys. Não existe nada de errado neste aviso, como a permissão do linux-3.4 será 555, e esta atualização já considera isto no pacote filesystem.
URL da notícia: http://www.archlinux.org/news/filesystem-upgrade-manual-intervention-required-1/